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除了内资独立核算分公司，其它分公司的企业所得税都由总机构或核算地汇总缴纳。汇总缴纳企业所得税的好处是，总、分支机构盈亏互抵后可以减少当期所得税支出，从而减少现金流出。 内资企业独立核算的分公司，在分公司所在地缴纳企业所得税，汇算清缴也同其它独立纳税人一样，经国家税务总局批准，还可以由总机构汇总缴纳企业所得税。本文主要介绍汇总缴纳企业所得税的分支机构如何处理所得税汇算清缴有关问题。
一、内资非独立核算分公司所得税汇算清缴
根据《企业所得税暂行条例实施细则》的规定，不能同时具备下列条件的分公司，为非独立核算分公司：1）在银行开设结算账户；
2）独立建立账簿、编制财务会计报表；
3）独立计算盈亏等。 非独立核算分公司所有的收益和成本，都计入总公司（或核算地）帐目。这种情况下，核算地统一计算盈亏，按规定预缴所得税，年终汇算清缴，也不需要审批。也就是说，非独立核算分公司不涉及到所得税问题。
二、独立核算分公司汇总纳税的所得税汇算清缴
根据《国家税务总局关于规范汇总合并缴纳企业所得税范围的通知》（国税函[2006]48号）的规定，经国家税务总局审批，独立核算的分公司可以由总公司汇总缴纳企业所得税，在这种情况下，根据《国家税务总局关于汇总(合并)纳税企业实行统一计算、分级管理、就地预交、集中清算所得税问题的通知》（国税发[2001]13号）的规定，总公司和分公司分别计算盈亏，年终由总公司集中清算，合并缴纳企业所得税。
独立核算的分公司是一个独立的所得税纳税主体，只是汇总纳税时，纳税地点不同而已，并且可以盈亏互抵后纳税。
1.分支机构就地预缴所得税：
以总公司和符合独立核算条件的各级分公司为就地预交所得税的成员企业；
汇总纳税的银行保险企业，以分行(分公司)、支行及相当于支行一级的办事处(分理处)，为就地预交所得税的成员企业；
预缴所得税比例： 1）成员企业就地预交企业所得税的比例，一般为年度应纳所得税额的60%。
2）在经济特区、上海浦东新区、以及本部地区属于国家鼓励的汇总纳税成员企业，可按年度应纳税所得额的15%就地预交。
3）总机构各成员企业盈亏相差悬殊，就地预交税款与集中清算结果差额较大的，可由总机构报国家税务总局批准后，对个别影响较大的成员企业就地预交的比例予以适当调整。
2.亏损弥补：
分公司在总机构集中清算年度发生的亏损，由总机构在年度汇总清算时统一盈亏相抵，并按规定递延抵补，各成员企业均不再用本企业以后年度的应纳税所得额进行弥补亏损。3.汇算清缴：
根据《国家税务总局关于进一步加强汇总纳税企业所得税管理的通知》（国税发[2000]185号）、《国家税务总局关于印发《企业所得税汇算清缴管理办法》的通知》（国税发[2005]200号）规定，分公司应在年度终了后45日内完成年度纳税申报，分公司向汇缴企业报送的资料，必须先经分公司的主管税务机关审核。分公司未经当地税务机关签字盖章的纳税申报，汇缴企业所在地税务机关不予受理。
分公司若未在规定时间内办理纳税申报，所在地税务机关应就地对其征收企业所得税。汇缴企业在年度终了后4个月内（经营人寿保险业务的保险企业，申报时间可延迟至年度终了后6个月内），向所在地主管税务机关报送下列资料，集中清算：1）汇总总、分公司的《企业所得税年度纳税申报表》； 2）总公司及各分公司的《企业所得税年度纳税申报表》；
3）企业会计报表（资产负债表、利润表、现金流量表及相关附表）、会计报表附注和财务情况说明书；
4）备案事项的相关资料；
5）主管税务机关要求报送的其它资料。
采用电子方式办理纳税申报的，应附报纸质纳税申报资料。
统一计算的应纳所得税额，小于合计预交的企业所得税额的部分，由汇缴企业抵缴下一年度统一计算的应缴企业所得税额。
4.分公司技术改造国产设备投资抵免企业所得税的处理： 分公司技术改造国产设备投资可抵免的企业所得税额，以分公司就地预交的企业所得税按规定抵免。就地应预交的企业所得税不足抵免的部分，经当地税务机关出具证明，由汇缴企业在集中清算企业所得税时抵免。 5.分公司违法补缴所得税的处理：
分公司所在地税务机关对成员企业检查，查出的以前年度违反税收规定应补缴的所得税，按规定税率就地全额补征入库，不作为当年或以前年度就地预交的税款，不参与总机构的汇缴清算。
三、外资企业分公司所得税汇算清缴
外资企业在境内设立的分支机构，不区分独立核算与非独立核算，一律由总机构汇总缴纳企业所得税。根据《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》、《外商投资企业和外国企业所得税汇算清缴管理办法》（国税发[2003]13号）规定： 1.分支机构在向总机构报送会计决算报表时，同时报送当地税务机关。
2.总公司应在每年5月31日前，向主管税务机关索取《外商投资企业和外国企业汇总或合并申报企业所得税证明》，并应在6月30日前将该证明及其年度申报表和会计报表送达分公司所在地主管税务机关。
3.若在规定期限内，未向分公司所在地主管税务机关提供汇缴机构所在地主管税务机关出具已汇总申报的证明，且又无延期申报批准文件的，由分公司所在地主管税务机关负责检查核实或核定该分公司应纳税所得额，并结合税收法律法规规定的税收待遇，计算应补税额、就地征收及实施处罚。
关于亏损弥补问题： 根据《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》、《国家税务总局关于外商投资企业和外国企业所得税法若干执行问题的通知》国税发[2000]152号规定， 外商投资企业合并申报我国境内各分支机构企业所得税时，当某些机构发生亏损，首先用相同税率机构的盈利进行抵补；若没有相同税率机构的盈利，可用与亏损机构相近税率机构的盈利进行抵补。盈亏相抵后仍有利润的，按有盈利的机构所适用的税率纳税。
关于所得核算问题：
根据《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》规定，如果负责合并申报缴纳所得税的总公司，不能合理地分别计算各分公司的应纳税所得额，当地税务机关可以对其应纳税的所得总额，按照营业收入比例、成本和费用比例、资产比例、职工人数或者工资数额的比例，合理分配。另外，由于分公司与总公司适用税率可能不同，所以对外资企业的分公司的要求是独立核算。
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