楼主: pythonR
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错误: 无法分配大小为2.8 Gb的矢量 [推广有奖]

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pythonR 发表于 2010-10-9 02:42:54 |AI写论文

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我有一批microarray数据有8G多,想用R+Bioconductor分析,可是在导入时出现问题
...
> Data <- ReadAffy()
错误: 无法分配大小为2.8 Gb的矢量
...
有高手能指点一下这个问题怎么解决啊?
谢谢!
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关键词:无法分配 Bioconductor Microarray conduct Micro Bioconductor

沙发
DM小菜鸟 发表于 2015-2-4 17:56:08
比较直接简洁的方法把之前占内存的但又已经没用的清除掉,没用rm(),那没用,用gc()来释放内存,这样就ok了,由于没有lz的数据,所以自己生成一组数据给lz附一个example

> A<-1:2^24.75
Error: cannot allocate vector of size 107.6 Mb
> A<-1:2^24.73
> gc()
           used  (Mb) gc trigger  (Mb) max used  (Mb)
Ncells   344852   9.3     597831  16.0   467875  12.5
Vcells 14229452 108.6   29726607 226.8 27858388 212.6
> A<-1:2^24.75

原本向量A的是储存不下的,但释放内存后就ok了~
希望对lz有用

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