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企业需要关注的是，财税〔2015〕119号文件对研发费用会计核算提出了若干要求：
1.遵照国家统一会计制度：企业应按照国家财务会计制度要求，对研发支出进行会计处理。
2.设置研发支出辅助账：对享受加计扣除的研发费用，按研发项目设置辅助账，准确归集核算当年可加计扣除的各项研发费用实际发生额。企业在一个纳税年度内进行多项研发活动的，应按照不同研发项目分别归集可加计扣除的研发费用。
3.研发与生产分别核算：企业应对研发费用和生产经营费用分别核算，准确、合理归集各项费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。
97号公告为指导企业设置研发支出辅助账做了细化规定，以帮助企业防范相关风险：
1.研发项目立项时应设置研发支出辅助账，由企业留存备查。
2.企业可参照97号公告所附样式，设置研发支出辅助账、编制研发支出辅助账汇总表。
3.年末汇总分析填报研发支出辅助账汇总表，并在报送《年度财务会计报告》的同时随附注一并报送主管税务机关。
共用的人员及仪器、设备、无形资产会计核算要求
有的企业特别是中小企业，从事研发活动的人员同时也会承担生产经营管理等职能，用于研发活动的仪器、设备、无形资产同时也会用于非研发活动，财税〔2015〕119号文件对允许加计扣除的研发费用不再强调“专门用于”。为有效划分这类情形，企业应对此类人员活动情况及仪器、设备、无形资产的使用情况做必要记录，并将其实际发生的相关费用按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配，未分配的不得加计扣除。
合作研发项目会计核算要求
财税〔2015〕119号文件规定，企业共同合作开发的项目，由合作各方就自身实际承担的研发费用分别计算加计扣除。企业共同合作研发的项目，由合作各方按照《企业（合作）研究开发项目计划书》和经登记的《技术开发（合作）合同》分项目设置《合作研发“研发支出”辅助账》，就自身实际承担的研发费用按照会计核算要求分项目核算，并按照研发费用归集范围分别计算加计扣除。
研发费用的核算须做好部门间协调配合
研发费用的核算需要做大量的准备工作，如研发费用加计扣除政策要求的留存备查资料，涉及公司决议、研发合同、会计账簿、相关科技成果资料等等，因此需要企业研发、财务等各职能部门密切配合。如果各部门不能有效配合，导致相关资料、会计凭证不全，记账不完整，会影响到研发费用的核算以及优惠政策的享受。
核定征收企业不能享受加计扣除政策
根据财税〔2015〕119号文件规定，研发费用加计扣除政策适用于会计核算健全、实行查账征收并能够准确归集研发费用的居民企业。按核定征收方式缴纳企业所得税的企业不能享受此项优惠政策。
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