理学工学管理学为支柱，南方科技大学拟以理学、工学和管理学作为三大支柱学科，注重发展交叉学科和新兴学科，兼顾其他应用型学科和人文社会类学科。其中，工学科约占学科总量的30%，理学学科占20%，交叉学科占30%，管理学科占15%，人文社会类学科占5%。 深圳计划在15年左右的时间内，在理学、工学和管理学三大学科门类内设置一批重点学科，凝聚一批国内领先，在国际上有一定影响的新兴学科、交叉学科，发展数个在国际上有较大影响的核心学科，将其中部分学科方向建成国际一流水平；学科结构布局合理，形成与国际知名的高水平创新型大学相符合的学科框架。