R报错Error in as.data.frame.default(spec):

是 否 +2 论坛币

k人 参与回答

经管之家送您一份

应届毕业生专属福利!

求职就业群

赵安豆老师微信：zhaoandou666

经管之家联合CDA

送您一个全额奖学金名额~ !

立即领取

感谢您参与论坛问题回答

经管之家送您两个论坛币！

+2 论坛币

最近在做mantel test分析的时候，代码总是报错，错误为Error in as.data.frame.default(spec):  
  cannot coerce class ‘"function"’ to a data.frame，但是之前是可以运行的，数据换了很多格式还是不行，所以请各位大佬指点，到底是啥原因，多谢大佬！
代码如下：set.seed(123)  # 随机种子
library(corrplot)#加载相关热图包
library(vegan)#加载vegan包
ZZPhylum <-read.csv
ZZvsrechem <-read.csv
library(vegan)
library(ggcor)
library(ggplot2)#一定要加载
mantel <- mantel_test(ZZPhylum, ZZvsrechem,
                      spec.select = list(Proteobacteria = 1,
                                         Actinobacteriota = 2,
                                         Chloroflexi = 3,
                                         Firmicutes = 4,
                                         Acidobacteriota = 5,
                                         Bacteroidota = 6,
                                         Myxococcota = 7,
                                         Gemmatimonadota = 8,
                                         Cyanobacteria = 9,
                                         Bdellovibrionota = 10
                                         #依次定义十种物种作为Mantel的分析对象
                      )) %>%
  mutate(rd = cut(r, breaks = c(-Inf, 0.2, 0.4, Inf),
                  labels = c("< 0.2", "0.2 - 0.4", ">= 0.4")),#定义Mantel的R值范围标签，便于出图
         pd = cut(p.value, breaks = c(-Inf, 0.01, 0.05, Inf),
                  labels = c("< 0.01", "0.01 - 0.05", ">= 0.05")))#定义Mantel检验的p值范围标签，便于出图
dev.new(
  title = "mantel test",
  width = 16,
  height = 8,
  noRStudioGD = TRUE)
quickcor(ZZvsrechem, type = "upper") +#绘制理化数据热图
  geom_square() +#定义成方块状
  scale_fill_gradient2(low = 'blue',mid = 'white',high = 'red')+#填充颜色
  anno_link(aes(colour = pd, size = rd), data = mantel) +#定义连线
  scale_color_manual(values = c("red","lightgrey"))+#连线颜色
  scale_size_manual(values = c(0.5, 1, 2))+
  guides(size = guide_legend(title = "Mantel's r",#定义图例
                             order = 2),
         colour = guide_legend(title = "Mantel's p",
                               order = 3),
         fill = guide_colorbar(title = "Pearson's r", order = 4))
Error in as.data.frame.default(spec):  
  cannot coerce class ‘"function"’ to a data.frame

扫码加我 拉你入群

请注明：姓名-公司-职位

以便审核进群资格，未注明则拒绝

分享0 收藏0 回帖

关键词：Default Error fault Frame Fram