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新建文档，首先要选择文档的类型，这里以article的类型举例。点击 File > New ，新建一个空白文档， 点击Document> Settings
分别点击左侧的导航栏，在Document class中选择CTeX，这是由于我们的文档中包含中文，参考文献，目录的格式，CTeX类型的文档能给予很好的支持。
Language中选 Chinese (simplefied)，Encoding 选 Unicode (XeTeX)(utf8) 这是由于我们在后续编译LyX文档的时候， 要用到XeTeX程序，而要在正文中使用中文，xeCJK宏包的效果很好。
在output设置Default output format 为 PDF(XeTeX)，我们用XeTeX编译LyX文档，生成PDF文档。
在LaTeX Preamble中输入如下LaTeX 代码
\usepackage{xeCJK}
\setCJKmainfont{SimSun}

这样， article的中文环境格式就设定好了。

对了，还要再加一句命令：

\DeclareRobustCommand\nobreakspace{\leavevmode\nobreak\ }

% 如果没有这一句命令，XeTeX会出错，原因参见

%http://bbs.ctex.org/viewthread.php?tid=60547

3 调整文本格式
默认条件下，文本部分都是作为Standard的格式，这也是正文中最多的格式。但是一篇论文，需要有标题（Title）作者，日期，摘要，以及前言，材料与方法，结果和讨论等，有时候还要有插图和参考文献的引用。这些内容，都需要逐项设定。设定的方法，就是在左侧的下拉菜单中，选择对应的格式。例如LyX生成pdf中文文档，应设置为Title， 作者Author。
前言， 材料与方法， 结果， 讨论，都通过类似的方法设定。
3.1 公式的输入
有时候， 在材料和方法中要输入公式
例如 NRI=-\frac{{\textstyleMPD}_{Observed}-mean(MPD_{Null})}{sd(MPD_{Null})}

则点击Insert菜单，选择要输入的公式类型, 则屏幕下方将出现公式管理的按钮，点击即可调整。
Insert菜单，不仅包括包括公式，还包括输入标签，以及插入参考文献，插入目录，图表等功能。公式、图表、参考文献等物件，在LyX中会自动编号，动态调整，非常方便。
3.2 参考文献的输入
设定参考文献的方法， 在文章的最后， 输入要引用的参考文献的纯文本。
例 如 S.W. Kembel, P.D. Cowan, M.R. Helmus, W.K. Cornwell, H.Morlon, D.D. Ackerly, S.P. Blomberg, and C.O. Webb. 2010. Picante:R tools for integrating phylogenies and ecology. Bioinformatics26:1463-1464.
选中该部分文字，在设定格式的菜单栏中，选定Biblography，将该部分作为参考文献。当然，也可以引用用BibTeX，方法是，先在计算机上创建一个BibTeX纯文本文档，注意以utf8格式编码，然后在正文中引用即可。很多软件或网站，如Mendeley,R,及googlescholar都提供BibTeX格式的文献导出。而参考文献的引用，点击Insert>Citation即可。如果使用的是BibTeX，直接输入Insert>List/TOC>BibTeXBiblography,选择扩展名为.bib的文件即可。
.bib文件内的格式为
@Article{,
title = {Picante: {R} tools for integrating phylogenies andecology},
author = {S.W. Kembel and P.D. Cowan and M.R. Helmus and W.K.Cornwell and H. Morlon and D.D. Ackerly and S.P. Blomberg and C.O.Webb},
journal = {Bioinformatics},
volume = {26},
pages = {1463--1464},
year = {2010},
}
假设，撰写论文中有一句话，“NRI[equation1]表示群落内物种系统发育关系的远近，通过picante程序包可以计算SES.MPD等价于NRI[equation 1]”需要引用公式以及计算NRI用到的软件picante
则先创建一个标签， 方法为 Insert>Label, 随后输入Insert crossreference ，在出现的对话框中选择引用该标签即可。
3.3 插入图片
通常情况下，文章中出现图片会更吸引人。点击Insert>Graphics即可输入图片。推荐使用pdf格式的图片。因为pdf格式的图片在整个文档编译成pdf后，仍然是矢量的，不会有分辨率的损失。jpg，png等格式也都是可以的。
4 文档的编译
前面的内容都准备好后，只需点击View>View[pdf(XeTeX)]即可完成编译，此时，你的pdf阅览器应该能够自动打开编译好的pdf文档。看，一篇用LyX编译的文档诞生了。其它类型的文档，还包括图书，幻灯片(Beamer)等,方法大同小异，只不过设定的文档结构和格式不同罢了。例如，报告或者图书，需要目录，图书在最后往往还要设置索引等内容。
引用 S.W. Kembel, P.D. Cowan, M.R. Helmus, W.K. Cornwell, H.Morlon, D.D. Ackerly, S.P. Blomberg, and C.O. Webb. 2010. Picante:R tools for integrating phylogenies and ecology. Bioinformatics26:1463-1464.

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关键词：LyX Informatics Integrating Reference informat article Chinese 参考文献 中文 程序

谢谢发帖

请问，为什么按照这种方法切换成中文之后，章节的标题都会居中，如果要左对齐怎么办？

thanks for sharing