合并两个dataframe

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ladies and gentlemen，好久不见！我又来问问题了。现在有两个dataframe：

> head(a)

   chr   start     end     dhs

1 chr1 1911945 1912455 DHS1401

2 chr1 1912485 1912835 DHS1402

3 chr1 1914165 1914395 DHS1405

4 chr1 2200820 2201195 DHS1805

5 chr1 2903485 2903635 DHS2770

6 chr1 3788105 3788255 DHS4214

> head(b)

   chr   start     end     dhs category target_gene

1 chr1 1911945 1912455 DHS1401    local    KIAA1751

2 chr1 1912485 1912835 DHS1402    local    KIAA1751

3 chr1 1914165 1914395 DHS1405    local    KIAA1751

4 chr1 2200820 2201195 DHS1805    local         SKI

5 chr1 2903485 2903635 DHS2770   distal      ACTRT2

6 chr1 3788105 3788255 DHS4214    local        DFFB

a包含b，我现在要做这样一件事情：如果a中有dhs在b中，则输出b的这一行，否则就输出a的这一行，后面两列就输出NA值，类似于这种：

> head(c,10)

    chr   start     end     dhs category target_gene

1  chr1 1911945 1912455 DHS1401    local    KIAA1751

2  chr1 1912485 1912835 DHS1402    local    KIAA1751

3  chr1 1914165 1914395 DHS1405    local    KIAA1751

4  chr1 2200820 2201195 DHS1805    local         SKI

5  chr1 2903485 2903635 DHS2770   distal      ACTRT2

6  chr1 3788105 3788255 DHS4214    local        DFFB

7  chr1 4815360 4816015 DHS5346    local       AJAP1

8  chr1 5910045 5910490 DHS6382     <NA>        <NA>

81 chr1 6332640 6332935 DHS7033    local       ACOT7

9  chr1 7409425 7409895 DHS8350    local      CAMTA1

我自己写的程序是这样的：

colnames(a)<-c("chr","start","end","dhs")

colnames(b)<-c("chr","start","end","dhs","category","target_gene")

if(as.character(a[1,4]) %in% b[,4]){

        c<-b[match(as.character(a[1,4]),b[,4]),]

}else{

        c<-cbind(a[1,],NA,NA)

}

line<-NULL

for (i in 2:nrow(a)){

        if(as.character(a[i,4]) %in% b[,4]){

                line<-b[match(as.character(a[i,4]),b[,4]),]

        }else{

                line<-cbind(a[i,],category=NA,target_gene=NA)

        }

        c<-rbind(c,line)

}

我总感觉这么写很麻烦，不符合R的宗旨，想问问有没有什么简便的写法，浪费各位的时间了，多谢！！！

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关键词：Dataframe Frame Data Fram FRA category local start 好久不见

1. a$category <- NA
   
2. a$target_gene <- NA
   
3. c <- rbind(b,a)
   
4. d <- c[!duplicated(c$dhs),]

复制代码

把b和a接在一起，对dhs去重，由于b在上面，所以b存在dhs的就不取a了

dplyr包里面的left_join应该可以完美解决

万人往LVR 发表于 2016-6-15 16:17
把b和a接在一起，对dhs去重，由于b在上面，所以b存在dhs的就不取a了

赞&#128077;谢谢~