R语言聚类分析，对多个变量进行聚类

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place	height	waterfall	icesoildepth	windday
哈巴河	532.6	173.8	150	61.8
阿勒泰	735.1	191.5	146	37.7
克拉玛依	427	114.4	197	75.4
巴楚	1116.5	41.6	64	7.6
莎车	1231.2	42.5	93	11
于田	1427	46.4	81	1.4

hc.single=hclust(dist(xinj[,2:5]),method = "single")
plot(hc.complete,main = "Single Linkage",xlab="",labels=xinj$place,sub = "place",cex=.9)


上面的语句只是对height这个参数进行了聚类，R语言如何对后面四个参数进行聚类分析呢？求大神解答，谢谢！

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关键词：聚类分析 多个变量 R语言 Complete Linkage 聚类 R语言 多变量

数据没有标准化，没有消除量纲的影响，在这里height变量占主导作用，聚类是错误的。

飞天玄舞6 发表于 2016-12-5 22:50
数据没有标准化，没有消除量纲的影响，在这里height变量占主导作用，聚类是错误的。

能不能针对这个例子详细解答一下，谢谢

天涯印象 发表于 2016-12-6 11:03
能不能针对这个例子详细解答一下，谢谢

把除了place变量外的变量标准化，用z-score和max-min都行，再做聚类进行了。

scale()函数进行标准化或中心化处理，sweep()函数进行极差标准化，这三种处理都可以

飞天玄舞6 发表于 2016-12-6 14:25
把除了place变量外的变量标准化，用z-score和max-min都行，再做聚类进行了。

感谢您的指导，这是我修改后的代码和图形，这个结果应该是正确的吧，还请指正，谢谢
xj<-xinj[,2:5]
xj2<-data.frame((xj$height-min(xj$height))/(max(xj$height)-min(xj$height)),
       ((xj$waterfall-min(xj$waterfall))/(max(xj$waterfall)-min(xj$waterfall))
        ((xj$icesoildepth-min(xj$icesoildepth))/(max(xj$icesoildepth-min(xj$icesoildepth))))
        ((xj$windday-min(xj$windday))/(max(xj$windday)-min(xj$windday)))))
xj2<-data.frame(xinj[,1],xj2)
xj2<-xj2[,2:6]
hc.single=hclust(dist(xj2[2:5]),method = "single")
plot(hc.single,main = "Single Linkage",xlab="",labels=xj2$xinj...1.,ylab="",sub = "place",cex=.9)

天涯印象 发表于 2016-12-10 11:22
感谢您的指导，这是我修改后的代码和图形，这个结果应该是正确的吧，还请指正，谢谢
xj

标准化的时候不用那么麻烦，可以用apply函数，而进行min-max标准化的函数可以自定义为

1. fun <- function(x) (x-min(x))/(max(x)-min(x))
   
2. xj2 <- apply(xj, 2, FUN=fun) # use method "min-max"

复制代码

天涯印象 发表于 2016-12-10 11:22
感谢您的指导，这是我修改后的代码和图形，这个结果应该是正确的吧，还请指正，谢谢
xj

另外，第三行xj2只有5列，而第四行xj2[,2:6]怎么取得，哪有6列？

飞天玄舞6 发表于 2016-12-10 11:47
另外，第三行xj2只有5列，而第四行xj2[,2:6]怎么取得，哪有6列？

1. fun <- function(x) (x-min(x))/(max(x)-min(x))
   
2. xj3 <- apply(xinj[,2:5], 2, FUN=fun) # use method "min-max"
   
3. xj3<-data.frame(xinj[,1],xj3)     #重新添加place列
   
4. hc.single=hclust(dist(xj3[2:5]),method = "single")
   
5. plot(hc.single,main = "Single Linkage",xlab="",labels=xj3$xinj...1.,ylab="",sub = "place",cex=.9)

复制代码

那个6是因为当时添加了两遍place那一列

天涯印象 发表于 2016-12-10 15:19
那个6是因为当时添加了两遍place那一列

Check! {:3_52:}