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楼主: 囬囬囬

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[问答] R语言分析与统计 [推广有奖]

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囬囬囬 发表于 2017-2-16 21:24:24 |AI写论文

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怎么统计不同Chromosome类型，Start_Position每100000bp内的Data_Value的平均值

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关键词：统计

相关帖子

沙发

统计初学 发表于 2017-2-17 13:47:16

我理解的是你要做一个分类的统计，比如你的数据输入到R中命名为data,要统计chr1类，
mean(data$Data_Value[which(data$Start_Position<100000 & data$Chromosome=='chr1')])

藤椅

囬囬囬 发表于 2017-2-21 09:42:44

统计初学发表于 2017-2-17 13:47
我理解的是你要做一个分类的统计，比如你的数据输入到R中命名为data,要统计chr1类，
mean(data$Data_Value ...

差不多，但是怎么做到每个chromosome类型中，start—position每100000内的data_value求平均，用R做循环太慢

板凳

统计初学 发表于 2017-2-22 09:30:10

囬囬囬发表于 2017-2-21 09:42
差不多，但是怎么做到每个chromosome类型中，start—position每100000内的data_value求平均，用R做循环太 ...

你的数据有多大

报纸

囬囬囬 发表于 2017-2-22 20:11:06

统计初学发表于 2017-2-22 09:30
你的数据有多大

60万行

地板

qiu435 发表于 2017-2-23 17:05:34

不需要循环的，有cut函数对位置分组创建新的因子，然后再算，下面代码不知道行不行
library(tidyverse)
step= seq(start最小值，star最大值，by=100000）
data %>%
mutate(start_10000= cut(Start_Position,step) %>%
group_by(chromosome,start_10000) %>%
summarise( mean= mean(data_value))