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由于英汉思维方式存在差异，有时甚至大相径庭，因此，在医学论文摘要翻译时，应注意逻辑思维上的差异。蓝译编译结合实践经验认为，医学论文摘要汉译英时，要用英语的思维方式转达内涵，切记不可按照汉语思维方式字字对译。字字对译不但不符合英语习惯，而且有时还令人困惑不解，外国同行也势必难以理解，因此，翻译时决不可生搬硬套，这样才会避免出现汉语式英语。
一、英汉句子语序的差异反映了语言使用者思维方式的差异。使用英语的国家和我们的思维方式不同，对同一客观事实的描述也就存在差异。对英汉语序差异进行对比分析，弄清英汉句子结构上的不同，可为医学英语摘要翻译提供参考，同时有助于克服母语干扰，在翻译和交流中学会使用地道的目的语。例如，医学英文摘要中作者工作单位书写应遵循英美医学论文中小单位在前、大单位在后的语序习惯，我国医学期刊中大多采用这种格式。
二、在语言表达上，英美人习惯于在语篇的开始就直接点题或先说结果，然后再说细节，依次分析，因此重心在前是英语长句的一个特点，而汉语是先说细节后说结果；在英语中，常可见到几个从句组成的复合句，而汉语句式经常是流水似的，由几个短句表示，所以表达相同的内容，汉语句子在数量上就要比英语多。
有人这样比喻：“英语的句子似参天大树，枝叶横生；汉语的句子如万顷碧波，层层推进。”汉译英时，要先分析句子的功能、意义，才能确定句子的结构和形式。英译时要运用从属连词、不定式和分句等语言手段来实现并句，使其符合英语的表达习惯。
三、中国式英语是受汉语干扰或影响而说出或写出的英语，有些英文句子是从汉语句子逐字翻译而来的，在语法上，中国式英语可能不错，但遣词造句和表达方式与标准英语的习惯用法不符，虽可能不妨碍理解原意，但不宜采用。因此，撰写英文摘要时，应克服文化差异所带来的母语负迁移。
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