利用R语言"TCGA2STAT"包下载TCGA数据_TCGA数据下载_TCGA数据库

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文|茁壮小草

TCGA数据，指癌症测序数据，TCGA的全称为The Cancer Genome Atlas,癌症基因组图谱（TCGA）是美国国家癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所（NHGRI）已生成的33种癌症的基因组的关键变化全方位，多三维地图之间的合作的TCGA数据集，其包含基因组数据的两个以上的PB的，已取得公开可用，以及该基因组信息有助于癌症研究界，提高预防，诊断，和治疗癌症。

自从2016年6月份去西安第四军医大学上了肿瘤培训的暑期学校，对TCGA数据的研究变开始了。莫名的觉得在这个领域可以做很多工作，贡献很多的力量。哈哈，TCGA数据蕴藏很多宝。

下面开始对TCGA数据的下载做介绍。对基因表达数据，可用于下载的是level 3 的，在官网http://cancergenome.nih.gov/ 已经不提供直接下载方式，目前见的多的是用API或data-transfer-tool，可惜两个我都不会。我想我只会R语言，应该高手开发出了类似的包来供科研者使用吧，果不其然，发现了好几个可以下载TCG的A数据的包。这些包我都做过实验，有些下载效果很好，有些下载不稳定，其中缘故不清，也许我的网络环境不好也是有可能的，现把我了解的都分享出来，其中好坏效果，当由你来实验判断。

TCGA2STAT官网：https://cran.r-project.org/web/packages/TCGA2STAT/

下载方式：

1. install.packages("TCGA2STAT")

复制代码

帮助文档： https://cran.r-project.org/web/packages/TCGA2STAT/TCGA2STAT.pdf

  TCGAbiolinks官网： https://bioc.ism.ac.jp/packages/3.2/bioc/html/TCGAbiolinks.html

下载方式：

1. ## try http:// if https:// URLs are not supported
   
2. source("https://bioc.ism.ac.jp/biocLite.R")
   
3. biocLite("TCGAbiolinks")

复制代码

帮助文档： https://bioc.ism.ac.jp/packages/3.2/bioc/manuals/TCGAbiolinks/man/TCGAbiolinks.pdf

RTCGA官网： http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RTCGA.html

下载方式：

1. ## try http:// if https:// URLs are not supported
   
2. source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
   
3. biocLite("RTCGA")

复制代码

帮助文档： http://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/RTCGA/man/RTCGA.pdf

RTCGAToolbox官网： http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RTCGAToolbox.html

帮助文档： http://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/RTCGAToolbox/man/RTCGAToolbox.pdf
下载方式：

1. ## try http:// if https:// URLs are not supported
   
2. source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
   
3. biocLite("RTCGAToolbox")

复制代码

这里仅仅对这四种下载方式做简单的介绍，提供了已知的较为好的方式。下次将这对四种方法做详细全面的介绍，以保证对想下载的任何数据都能得心应手。做好科研，多看文章，多做实验啦！

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关键词：人类基因组研究 基因表达数据 第四军医大学 基因组数据 癌症基因组

东方祥 发表于 2018-10-10 17:14
文|茁壮小草  

thanks LZ for your kindness

哇,在经管之家还能看到TCGA数据库的帖子.