RStudio 中的 R Markdown

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RStudio 中的 R MarkdownYushneng · May 16th, 2015

RStudio 是 R 语言的一款开源的 GUI 软件，可以让“用不起Matlab只好用R”的用户体验到很像 Matlab 一样的开发环境，包括变量的显示、package 的基本操作、帮助文档等一系列图形界面。RStudio 另一个隐藏功能是可以当做 Markdown 编辑器来用（R Markdown），可以根据数据处理结果快速生成报告文档，这一功能主要通过 Package Knit 及相关组件完成。R Markdown 的两大特别之处，一是通过 Pandoc 将 Markdown 转化成 LaTex，再由强大的 LaTex 转换成 HTML、PDF、Word，理论上来说借助 LaTex 可以生成学术论文、期刊杂志、数据报告等规范格式的文档；另一大特点是整合了 R 语言的环境，可以在 Markdown 语法中 code block 直接执行 R 语言代码并将结果插入文档。

安装 package rmarkdown

可以通过 RStudio 中的新建按钮创建 R Markdown 文件，此时可能提示安装 rmarkdown 包：

[size=1em]install.packages(rmarkdown)  

创建文档可以选择文档标题、作者以及将要输出的文档格式等，这些也可以在之后更改：

第一次按 Kint PDF（或 Kint HTML）时可能出现错误：

Knit PDF : pandoc [size=1em]document conversion failed [size=1em]with error [size=1em]43  

可以通过安装 github 上最新的版本解决：

install.packages([size=1em]"devtools") [size=1em]# 如果以前没有安装 devtools 包  devtools::install_github([size=1em]"rstudio/rmarkdown")  

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关键词：R Markdown RStudio Studio Down Mark package 编辑器 Word 开发 软件

第二个问题当是文档中有中文的情况，可能提示：

! Package inputenc Error: Unicode char \u8:年 not [size=1em]set up for use with LaTeX.Try running pandoc with --latex-engine=xelatex.  

如果有中文，LaTex 引擎需要选择为 xelatex，可以通过下图的方式进行更改：

或者直接在文档头信息中加入：

[size=1em]output:    pdf_document:    latex_engine: xelatex

这样就可以正常输出为 PDF 文档了，但是会发现所有的中文全部都是空白，这个主要是 LaTex 的配置问题，中文需要中文字体来渲染，可以通过在文件头中引入 LaTex 文件进行配置：

outputs:    pdf_document:    includes:      [size=1em]in_header: header.tex    latex_engine: xelatex

其中 header.tex 可以是：

\usepackage{xeCJK}\[size=1em]setCJKmainfont{楷体}  % 字体可以更换\setmainfont{Georgia} % 設定英文字型\setromanfont{Georgia} % 字型\setmonofont{Courier New}

更多详细配置可以参考官方文档。

在 code block 中选择展示 R 语言执行结果

具体使用方式见下图：

', collapse=TRUE} hljs coffeescript" style="box-sizing: border-box; font-family: Monaco, Courier, monospace; font-size: inherit; padding: 0.5em; color: rgb(131, 148, 150); border-radius: 0px; border: 0px; font-stretch: normal; vertical-align: baseline; display: block; overflow-x: auto; background-color: transparent;">a <- [size=1em]1  [size=1em]typeof(a);mode(a);[size=1em]class(a)  

输出结果为：

a <- [size=1em]1  [size=1em]typeof(a);mode(a);class(a)  [size=1em]# > [1] "double"[size=1em]# > [1] "numeric"[size=1em]# > [1] "numeric"

甚至可以直接生成图像并插入文档（当然结果这里是看不到了，可以在生成的 PDF 或 HTML 中看到绘图结果）：

[size=1em]x <- se[size=1em]q(from = -5, to = 5, by = 0.01)  [size=1em]y <- dnorm([size=1em]x)  plot([size=1em]x, [size=1em]y)  

本文内容在 R Markdown 中生成的 PDF 部分效果如下：

参考：

• Github issues
  

I use it to write something,today. I think it is very easy and convenient.

thx for sharing~