关于ggplot画图

最近要画张图几个SNP不同基因型的表型均值统计图，类似于图1；但是我只想要上面一部分（20,25），可是加了 scale_y_continuous(limits = c(20,25))后变成了图2那样，是什么原因造成的，要怎样解决啊？谢谢各位大神解答！！部分数据：

SNP	GENO	MEAN	SD	SE
rs10114460	G/G	21.42	2.486	0.063206
rs10114460	G/C	21.85	2.826	0.07185
rs10114460	C/C	22.34	3.091	0.078588
rs10777585	T/T	23.04	0.2143	0.005449
rs10777585	T/C	23.37	3.047	0.077469
rs10777585	C/C	22.18	3.041	0.077316
rs1130371	A/A	22.44	3.122	0.079376
rs1130371	A/G	22.35	3.125	0.079452
rs1130371	G/G	22.03	2.877	0.073147

因为如果条形图的y轴只截取一段的话，该统计图表将具有一定的误导性，因此大神HADLEY WICKHAM在设计ggplot2包时，就没有考虑这样的操作。建议你也想想是否真的有必要这样做。

如果确实需要，用如下的方法：
library(scales)
...
scale_y_continuous(limits=c(20, 25), oob=rescale_none)
...

1. data
   
2. """
   
3.    SNP      GENO MEAN   SD       SE
   
4. rs10114460  G/G 21.42 2.4860 0.063206
   
5. rs10114460  G/C 21.85 2.8260 0.071850
   
6. rs10114460  C/C 22.34 3.0910 0.078588
   
7. rs10777585  T/T 23.04 0.2143 0.005449
   
8. rs10777585  T/C 23.37 3.0470 0.077469
   
9. rs10777585  C/C 22.18 3.0410 0.077316
   
10. rs1130371   A/A 22.44 3.1220 0.079376
    
11. rs1130371   A/G 22.35 3.1250 0.079452
    
12. rs1130371   G/G 22.03 2.8770 0.073147
    
13. """
    
14. bin <- seq(from=2, to=nrow(data)-1, by=3)
    
15. ggplot(data, aes(x=paste(SNP,GENO), y=MEAN,label=GENO)) +
    
16.   geom_text(hjust=0.5,vjust=-25*data$SE, alpha=1)+
    
17.   geom_errorbar(aes(ymin=MEAN-SE, ymax=MEAN+SE),size=.3,width=.2,position=position_dodge(.9)) +
    
18.   scale_y_continuous(limits = c(20,25)) +
    
19.   scale_x_discrete(breaks=paste(data$SNP,data$GENO)[bin],labels=data$SNP[bin]) +
    
20.   labs(title= "",
    
21.        x = "SNP",
    
22.        y = "MEAN")

复制代码

ZhandaYang 发表于 2017-5-16 16:26

谢谢回答，不过您这个和我的图2是类似的，下面的条形图咋没了？

多谢答复！！！