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合作创新是指以企业为主体,推进企业与科研院所、高等学校以及与其他企业之间开展产学研合作的一种创新战略。通过合作创新，中小企业可以利用合作者的资源，实现优势互补，分摊创新风险，缩短创新时间，以更低的成本和更高的效率适应市场的快速发展。
在合作创新中最主要的合作形式有合作开发、全面合作及共建实体。合作开发是指产学研双方乃至多方以具有法律效益的合作开发协议（或合同）形式,集中合作各方的人力、财力、物力进行协作的定向研究开发,适用于技术复杂程度较高的创新项目;全面合作是指合作各方在产品创新、工艺创新、管理创新和人才培养等方面建立全面、长期、稳定的合作关系;共建实体是合作创新中最紧密、有效的模式,它是指合作各方共同组建经济联合体或科技开发联合体。
中小企业实施合作创新战略，首先应当选择在创新资源上最能体现互补性的合作者，从而达到资源的配置效率最大化。此外，在合作的过程中，为保证合作创新的顺利开展，需要参与合作者能够预测出可能的风险，并通过合作协议的法律形式来明确各方的权责、利益，建立必要的监督和保障机制，以保证合作目标的实现。
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