[统计软件] R语言glmnet中的cox回归） [推广有奖]

想学习学习

恩，找到错误了。O(∩_∩)O~

昵称让我想起身边的一个同学，哈哈melody

> options(stringAsFactors=F)
> Surv(data$time,data$vital_status)
> class(Surv(data$time,data$vital_status))
[1] "Surv"
> surv<-Surv(data$time,data$vital_status)
> dat<-data[,-c(1,2)]
> fix(data)
> fix(dat)
> x<-as.matrix(dat)
> cv.fit<-cv.glmnet(x,surv,family="cox",maxit=1000,alpha=0)
> plot(cv.fit)
> fit<-glmnet(x,surv,family="cox",maxit=1000,alpha=0)
> coefficients<-coef(fit,s=cv.fit$lambda.min)
> coefficients

想请问楼主这个“negative event times encountered;  not permitted for Cox family”问题最后是怎么解决的呀？我也是遇到了这个，并不太懂。。。

请问怎么解决的，谢谢

详细代码参见这个网站https://github.com/jeffwong/glmnet/blob/master/R/coxnet.R
要事先把TIME和STATUS转换为DOUBLE型，原始数据可能是INTEGER，所以要进行数据类型转换，不然就会报错（Error in if (any(ty <= 0)) stop("negative event times encountered;  not permitted for Cox family") :
  missing value where TRUE/FALSE needed）。

我写的代码如下：
install.packages("glmnet")
library(glmnet) #载入弹性网络R包
library(survival)
w=read.csv("C:\\Users\\yangjiang\\Desktop\\R\\Stock1.csv")
x=as.matrix(w[,1:30]);
y=as.double(w$TIME)
STATUS=as.double(w$STATUS)
surv=Surv(y,STATUS);
cv.fit<-cv.glmnet(x,surv,family="cox") #交叉验证过程
plot(cv.fit) #交叉验证图
这样运行就没出错。
希望可以帮到你！

你好，我第一次用glmnet，想知道这个data和status分别指的是什么啊，你这两个问题我都遇到了，可是不知道如何解决，也对各个变量进行double处理了，可是还是报错，我的数据的所有变量和label都是0,1的，这是不是问题的所在啊

我也出现了这个错误，是因为生存时间有0值，去掉0的生存时间就好使了