调控网络的功能比对：温带噬菌体的研究

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摘要翻译：
分子网络的设计与功能之间的关系是生物学中的一个关键问题。对执行类似任务的监管网络进行比较，可以洞察网络架构是如何受到其所指导的功能的约束的。本文讨论了基于网络结构和信令逻辑的网络比较方法。引入局部和全局信号传递分数来衡量两个网络之间的差异，我们量化了进化密切相关和远缘相关的噬菌体之间的相似性。尽管噬菌体$\lambda$和186之间有很大的进化分离，但当测量全局信号传递的差异时，发现它们的网络是相似的。最后，我们从网络的角度讨论了如何利用网络比对来确定蛋白质的相似性。
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英文标题：
《Functional alignment of regulatory networks: A study of temperate phages》
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作者：
Ala Trusina, Kim Sneppen, Ian B. Dodd, Keith E. Shearwin, J. Barry
  Egan
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最新提交年份：
2005
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分类信息：

一级分类：Quantitative Biology        数量生物学
二级分类：Molecular Networks        分子网络
分类描述：Gene regulation, signal transduction, proteomics, metabolomics, gene and enzymatic networks
基因调控、信号转导、蛋白质组学、代谢组学、基因和酶网络
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一级分类：Physics        物理学
二级分类：Other Condensed Matter        其他凝聚态物质
分类描述：Work in condensed matter that does not fit into the other cond-mat classifications
在不适合其他cond-mat分类的凝聚态物质中工作
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一级分类：Quantitative Biology        数量生物学
二级分类：Genomics        基因组学
分类描述：DNA sequencing and assembly; gene and motif finding; RNA editing and alternative splicing; genomic structure and processes (replication, transcription, methylation, etc); mutational processes.
DNA测序与组装；基因和基序的发现；RNA编辑和选择性剪接；基因组结构和过程（复制、转录、甲基化等）；突变过程。
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一级分类：Quantitative Biology        数量生物学
二级分类：Other Quantitative Biology        其他定量生物学
分类描述：Work in quantitative biology that does not fit into the other q-bio classifications
不适合其他q-bio分类的定量生物学工作
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英文摘要：
  The relationship between the design and functionality of molecular networks is now a key issue in biology. Comparison of regulatory networks performing similar tasks can give insights into how network architecture is constrained by the functions it directs. We here discuss methods of network comparison based on network architecture and signaling logic. Introducing local and global signaling scores for the difference between two networks we quantify similarities between evolutionary closely and distantly related bacteriophages. Despite the large evolutionary separation between phage $\lambda$ and 186 their networks are found to be similar when difference is measured in terms of global signaling. We finally discuss how network alignment can be used to to pinpoint protein similarities viewed from the network perspective.
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PDF链接：
https://arxiv.org/pdf/q-bio/0511047

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关键词：噬菌体 Quantitative Evolutionary Similarities Architecture networks architecture 监管 噬菌体 功能