R语言实战（第三版），16章聚类分析碰到的问题

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下面是书上代码，自己在运行过程中报错，也画不出书上的图示。本人纯小白一个，请大神不吝指导。

library(flexclust)
data(nutrient)
head(nutrient, 4)
d <- dist(nutrient) #dist(x, method=)计算各个观测之间的距离，默认欧氏距离
as.matrix(d)[1:4,1:4]
str(d)
class(d)
row.names(nutrient) <- tolower(row.names(nutrient))
nutrient.scaled <- scale(nutrient)
d <- dist(nutrient.scaled)
fit.average <- hclust(d, method="average")
library(ggplot2)
library(ggdendro)
ggdendrogram(fit.average) + labs(title="Average Linkage Clustering")

library(NbClust)
library(factoextra)
nc <- NbClust(nutrient.scaled, distance="euclidean",
                min.nc=2, max.nc=15, method="average")  [size=14.6667px]这一步运行后报错：I[size=14.6667px]n pf(beale, pp, df2) : 产生了NaNs
fviz_nbclust(nc)

[size=14.6667px]这一步运行后报错：[size=14.6667px]Error in if (class(best_nc) == "numeric") print(best_nc) else if (class(best_nc) ==  :
  the condition has length > 1
这是书上的代码和截图，实际操作的时候会报错，问题出在哪儿呢？

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关键词：R语言实战 聚类分析 R语言 Library BRARY

问题可能出在NbClust函数的参数设置上。具体来说，报错信息中提到了distance="euclidean"，这表明在计算距离时使用的是欧氏距离。但是根据你之前的代码，已经对数据进行了标准化处理，因此可能需要使用标准化后的数据进行距离计算。

可以尝试将nutrient.scaled作为NbClust函数的输入，并将distance参数设置为"euclidean"，看看是否仍然会报错。另外，还可以检查一下nutrient.scaled的数据类型和维度，确保数据格式正确。

sun_man 发表于 2023-10-8 13:45
问题可能出在NbClust函数的参数设置上。具体来说，报错信息中提到了distance="euclidean"，这表明在计算距 ...

感谢大侠，nutrient.scaled数据查看了一下是矩阵；我自己加了一下“as.data.frame”后，又能跑通了；

sun_man 发表于 2023-10-8 13:45
问题可能出在NbClust函数的参数设置上。具体来说，报错信息中提到了distance="euclidean"，这表明在计算距 ...

又出问题了，不知道啥情况，今天新的例子

library(fMultivar)
library(ggplot2)
set.seed(1234)
df <- rnorm2d(1000, rho=.5)
df <- as.data.frame(df)
ggplot(df, aes(x=V1, y=V2)) +
  geom_point(alpha=.3) + theme_minimal() +
  labs(title="Bivariate Normal Distribution with rho=0.5")

library(NbClust)
library(factoextra)
nc <- NbClust(df, min.nc=2, max.nc=15, method="kmeans")
fviz_nbclust(nc)
最后一行又出问题了，大神帮忙再看看
“Error in if (class(best_nc) == "numeric") print(best_nc) else if (class(best_nc) ==  :
  the condition has length > 1”

瓜牛冻 发表于 2023-10-9 13:29
又出问题了，不知道啥情况，今天新的例子

library(fMultivar)

这个错误可能是因为你在使用fviz_nbclust()函数时传递了一个长度大于1的条件。根据错误信息，可能是在fviz_nbclust()函数的参数中存在问题。
请确保fviz_nbclust()函数的参数是正确的。这个函数需要指定一个聚类方法（method）和一个包含数据的数据框（data）作为参数。你可以检查一下fviz_nbclust()函数的调用，确保这两个参数都正确设置。
另外，请确保你已经正确安装了factoextra和NbClust这两个包，并且已经加载了它们。

sun_man 发表于 2023-10-9 13:48
这个错误可能是因为你在使用fviz_nbclust()函数时传递了一个长度大于1的条件。根据错误信息，可能是在fvi ...

昨天晚上研究了一下（可能还是自己太菜了）……查看了一下nc <- NbClust(df, min.nc=2, max.nc=15, method="kmeans")运行后nc$best_nc的数据类型发现是“matrix”“array”;自己强制用as.numeric改变其类型后，再运行，的确不报错了，但是结果也和书上预期不一致