请教boxplot加显著性标注的问题

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我用ggplot2做的boxplot，想给他加上显著性标注，用ggsignif，包里带的例子图是下面这样的：
我的数据见附件，用的代码为：
ggplot(data = up, aes(x=gene, y=Log2FC)) + geom_boxplot(aes(fill=Metabolism), position=position_dodge(1)) + facet_wrap(~ gene, scales="free_x") + xlab("Up regulated") + geom_signif(comparisons = list(c("Primary", "Secondary")),test = "t.test")
但总是报错：
Warning messages:
1: Computation failed in `stat_signif()`:
missing value where TRUE/FALSE needed
2: Computation failed in `stat_signif()`:
missing value where TRUE/FALSE needed


我想要的图是这样的：

请大家指点，谢谢！
up_all.txt (9.69 KB)

2017-11-18 21:32:54 上传

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关键词：BOXPLOT plot box Computation comparisons

搞明白了，x=Metabolism就好了

我也是在画同样的图，遇到了同样的问题，求解决方法
数据结构如下：
Group Distance           Method
1    A         0 Hamming distance
2    A         0 Hamming distance
3    A         0 Hamming distance
4    A         0 Hamming distance
5    A         0 Hamming distance
6    A         0 Hamming distance

Warning: Ignoring unknown parameters: side
notch went outside hinges. Try setting notch=FALSE.
Warning message:
Computation failed in `stat_signif()`:
missing value where TRUE/FALSE needed

xuexi

你们好，我遇到了一模一样的问题，Y轴的范围也更改不了。楼主说的x是加在哪呀

你好，我还是想问怎么解决的呀

这个错误是因为`geom_signif()`在计算显著性时遇到了缺失值。在使用`ggsignif`之前，你需要确保你的数据中没有NA值，并且你的`t.test`能够正确执行。你可以先对数据进行预处理，例如删除或填充NA值，然后再次尝试运行代码。

另外，确保你的数据结构是正确的，`gene`应该是一个分类变量，而`Log2FC`是数值变量。如果`Metabolism`也是一个分类变量，你可能需要将其与`gene`一起作为分组变量使用。

你可以试一下以下的预处理步骤：

```R
# 填充或删除NA值（这里以均值填充为例）
up$Log2FC <- ifelse(is.na(up$Log2FC), mean(up$Log2FC, na.rm = TRUE), up$Log2FC)

# 然后再次运行你的代码
ggplot(data = up, aes(x=gene, y=Log2FC)) +
  geom_boxplot(aes(fill=Metabolism), position=position_dodge(1)) +
  facet_wrap(~ gene, scales="free_x") +
  xlab("Up regulated") +
  geom_signif(comparisons = list(c("Primary", "Secondary")), test = "t.test")
```

如果问题仍然存在，可能需要检查`ggsignif`的其他参数或者数据格式是否正确。

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