学校动力工程及工程热物理、光学工程、管理科学与工程三大学科长期居于国内领先地位，学科领域的优势与特色为全国公认。伴随工程教育的时代发展与经济社会的发展需求，学校积极培育建设新兴交叉学科，进一步提升和发展了先进制造与高端装备技术、生物医学工程、光电仪器与电气测试控制技术、微纳制造与新材料、节能环保技术等前沿领域。2003年，学校抓住上海医疗器械高等专科学校和上海出版印刷高等专科学校划归上海理工大学管理的机遇，从文化产业和健康产业发展的需求出发，积极培育建设相关新兴特色学科。