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发布：Nicolle | 分类：考研

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TUTORIALSTutorialsThere are some general notes that apply to all tutorials. These tutorials use the graphical applications of BEAST to perform analyses using the provided example files:

Divergence Dating (Version 2.2.0)
Measurable evolving populations, estimating rates, bonus: BSP (Version 2.2.0)
Extended Bayesian Skyline Plots
STAR BEAST (Version 2.0.3)
Ancestral reconstruction/Discrete phylogeography (Version 2.4.1)
Continuous phylogeography on a sphere
Birth Death Skyline (Version 2.1.1)
Bayes Factor Delimitation of Species (*with genomic data; BFD*)
Divergence dating with sampled ancestors (FBD model)
Beginner's Guide to the MultiTypeTree package for structured coalescent inference
Codon Substitution Models Tutorial
Phylodynamics using coalescent and birth-death models
Phylodynamics using the birth-death SIR model

Manuals

A rough guide to SNAPP
DensiTree
MASTER documentation
A Rough guide to CladeAge for fossil calibrations with BEAST
http://www.beast2.org/files/2015/05/Cladeage-150x150.png

Taming the BEAST TutorialsAdditional tutorials are available from the Taming the BEAST website.For developers

Tutorial for Writing a BEAST2 package in Eclipse.
Writing a package for a tree prior.

How To's

Fix starting tree
Constraints Of Monophyly
Plotting *BEAST tree
DensiTree How To's
Path Sampling
Sample a discrete trait
SNAPP for SNP and AFLP analysis
EBSPAnalyser How To's
Total evidence with FBD dating
Coalescent SIR
Morphological models
Phylodynamic models
Multi-gamma site models for dealing with heterotachy
Fixing shift times in Birth-death Skyline model

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