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R语言中data.table向量化计算问题

R语言中data.table向量化计算问题

发布:yijiaobani | 分类:考研

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问题:一个data.table格式,相对两列数据进行计算,得到一列新的数据,结果一直得不到理想的结果。想知道如何解决?数据:n=3ID=paste0("SNP",1:n)value=NULLfor(iin1:n){value[i]=paste(sample(1:20,10),collap ...
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问题:
一个data.table格式,相对两列数据进行计算,得到一列新的数据,结果一直得不到理想的结果。想知道如何解决?
数据:
  1. n = 3
  2. ID = paste0("SNP",1:n)

  3. value = NULL
  4. for(i in 1:n){
  5. value[i]= paste(sample(1:20,10),collapse = ";")
  6. }

  7. dd = data.frame(ID=ID,value=value)
  8. idA = rep(ID,n)
  9. idB = rep(ID,each=n)
  10. valueA = rep(value,n)
  11. valueB = rep(value,each=n)

  12. ddx = data.frame(idA=idA,idB=idB,valueA=as.character(valueA),valueB=as.character(valueB))
  13. ddy = as.data.table(ddx)

  14. ddy$valueA = as.character(ddy$valueA)
  15. ddy$valueB = as.character(ddy$valueB)
  16. ddy
复制代码数据如下:
  1. > ddy
  2. idAidB valueA valueB
  3. 1: SNP1 SNP16;15;8;16;17;1;18;12;7;206;15;8;16;17;1;18;12;7;20
  4. 2: SNP2 SNP120;9;13;10;2;14;4;1;15;116;15;8;16;17;1;18;12;7;20
  5. 3: SNP3 SNP1 18;14;12;17;11;16;8;19;4;26;15;8;16;17;1;18;12;7;20
  6. 4: SNP1 SNP26;15;8;16;17;1;18;12;7;2020;9;13;10;2;14;4;1;15;11
  7. 5: SNP2 SNP220;9;13;10;2;14;4;1;15;1120;9;13;10;2;14;4;1;15;11
  8. 6: SNP3 SNP2 18;14;12;17;11;16;8;19;4;220;9;13;10;2;14;4;1;15;11
  9. 7: SNP1 SNP36;15;8;16;17;1;18;12;7;20 18;14;12;17;11;16;8;19;4;2
  10. 8: SNP2 SNP320;9;13;10;2;14;4;1;15;11 18;14;12;17;11;16;8;19;4;2
复制代码
想看以下valueA和valueB的交集的个数:
我的思路是,直接在data.table中生成一列V5,怀疑因为valueA和valueB涉及到分隔符计算,没有成功,我的代码:
  1. ddy[,V5:=length(intersect(strsplit(valueA,";"),strsplit(valueB,";")))]
  2. ddy
复制代码结果V5都是3,是错误的:
  1. > ddy
  2. idAidB valueA valueB V5
  3. 1: SNP1 SNP16;15;8;16;17;1;18;12;7;206;15;8;16;17;1;18;12;7;203
  4. 2: SNP2 SNP120;9;13;10;2;14;4;1;15;116;15;8;16;17;1;18;12;7;203
  5. 3: SNP3 SNP1 18;14;12;17;11;16;8;19;4;26;15;8;16;17;1;18;12;7;203
  6. 4: SNP1 SNP26;15;8;16;17;1;18;12;7;2020;9;13;10;2;14;4;1;15;113
  7. 5: SNP2 SNP220;9;13;10;2;14;4;1;15;1120;9;13;10;2;14;4;1;15;113
  8. 6: SNP3 SNP2 18;14;12;17;11;16;8;19;4;220;9;13;10;2;14;4;1;15;113
  9. 7: SNP1 SNP36;15;8;16;17;1;18;12;7;20 18;14;12;17;11;16;8;19;4;23
  10. 8: SNP2 SNP320;9;13;10;2;14;4;1;15;11 18;14;12;17;11;16;8;19;4;23
  11. 9: SNP3 SNP3 18;14;12;17;11;16;8;19;4;2 18;14;12;17;11;16;8;19;4;23
复制代码
正确的做法,是写一个循环,但是数据量大的话,速度很慢:
  1. nn = dim(ddy)[1]
  2. re=NULL
  3. system.time({
  4. for(i in 1:nn){
  5. # i=3
  6. re[i]= length(intersect(unlist(strsplit(ddy$valueA[i],";")),unlist(strsplit(ddy$valueB[i],";"))))
  7. }
  8. })
  9. re
复制代码结果:
  1. [1] 10555 10858 10
复制代码
我想使用apply解决,但是没有想到如何解决,十分感谢。
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