我是生物专业的学生,正在学习一个生物软件,这个生物软件说明书的最后一步是要用R软件做图。我不懂统计软件,在论坛里看了很多R的介绍还是不明白怎么使用。所以非常希望得到各位的帮助。
软件说明书给出的用R软件做图的步骤是这样的:
Example R script for plotting this is
m2 <- read.table("data_fst_outfile")
m3 <- read.table("pvout.txt")
m4 <- read.table("cout.txt")
lo <- m3[,5] < 0.005
hi <- m3[,5] > 0.995
plot(m3[,1],m3[,2],ylim=c(-0.05,1),xlim=c(0,0.6),xlab="heterozygosity",ylab= expression(F[ST]))
lines(m4[,1],m4[,3])
lines(m4[,1],m4[,4])
lines(m4[,1],m4[,5])
points(m3[,1][hi],m3[,2][hi],col="red",pch=16)
points(m3[,1][lo],m3[,2][lo],col="blue",pch=16)
text(m3[,1][hi],m3[,2][hi],as.character(m2[,4][hi]+1),pos=4,cex=0.6)
text(m3[,1][lo],m3[,2][lo],as.character(m2[,4][lo]+1),pos=4,cex=0.6)
我已经通过生物软件得到了以下数据:data_fst_outfile,pvout.txt,cout.txt,我把这三个文件放在了R安装程序的文件夹下。
然后打开R,出现光标“>”后我按着说明书的步骤输入了 m2 <- read.table("data_fst_outfile"),窗口出现以下提示:
错误于file(file, "r") : 无法打开链结
此外 : Warining message :
In file(file,"r")
无法打开文件‘data_fst_outfile”:No such file or directory
想请教一下,出现错误的原因是什么?我该怎么样做才能正常运行程序?
麻烦大家指导一下,感激不尽!!!