Contents1. Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
2. The data analytic question . . . . . . . . . . . . . 3
3. Tidying the data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
4. Checking the data . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
5. Exploratory analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
6. Statistical modeling and inference . . . . . . . . . 34
7. Prediction and machine learning . . . . . . . . . . 45
8. Causality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
9. Written analyses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
10.Creating figures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
11.Presenting data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
12.Reproducibility . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
13.A few matters of form . . . . . . . . . . . . . . . . 85
14.The data analysis checklist . . . . . . . . . . . . . 87 15.Additional resources . . . . . . . . . . . . . . . . . 92