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在人大经济论坛搜索了pajek，发现大家存在的几个疑问。在这里一一免费解答：（同时附上Peixun.net培训网即将上线的《Pajek可视化操作与复杂网络分析》视频课程的大纲）

（一）免费下载pajek软件、pajek使用手册、pajek格式的复杂网络数据集、pajek分析复杂网络的论文等相关学习资料的网站
（1）http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/
（2）http://pajek.imfm.si/doku.php?id=start&do=show
网站上提供了Pajek软件不断更新的版本（最新的为pajek3.12），同时有许多pajek格式的复杂网络数据集，以及pajek使用手册和利用pajek分析复杂网络的论文（英文资料）。相关资料包括已有帖子中提到的《Exploratory Social Network Analysis with Pajek》（英文）PDF，Pajek使用手册（英文）PDF等等。

（二）关于pajek格式的数据结构的生成和转换
这里大家关注的是网络文件数据（.net），有以下三种方式可以得到pajek格式的.net文件：
1. 手工输入
对于小规模的网络（节点数不超过100），可以根据Pajek网络文件.net的数据结构来创建：新建一个文本文档，第一行输入*Vertices n其中n为所创建网络的节点总数；在接下来的各行中输入节点及对应的标签（这里也可以什么不输入，直接进入到*Edges或*Arcs的输入，此时pajek默认节点标签为V1,V2,....Vn），要注意的是每行只能输入一个节点及其标签，下一个节点另起一行。再接下来在新的一行输入*Edges（无向图使用*Edges，有向图则使用*Arcs），另起一行输入节点之间的连边关系。一切完成后保存，此时要对文本文件修改后缀名，直接改成.net保存即可。
附上一个例子：sample.net
*Vertices 4
1 "a"
2 "b"
3 "c"
4 "d"
*Arcs
1 2 1
3 4 3
2. 使用现有程序把excel或txt数据转换成.net文件
Pajek的官网上提供了两个程序：
（1）Excell2Pajek
（2）TXT2Pajek （推荐）
3. 使用Matlab、R等编写代码把EXCEL或者TXT数据转换成.net数据结构。

（三）Pajek绘制网络图
使用Pajek绘制网络图：在主菜单下点击Draw，再选择不同的菜单绘制你想要的图形。（前提是当前工作窗口已经有相应的网络数据文件）
Draw－绘制网络图
Draw-Partition（绘制分类图形）
Draw-Vector－节点的大小决定于所选的向量
Draw-2Vectors－结点的大小决定于所选的两个向量（一为宽，二为高）
Draw-Partion-Vector－结点的大小由所选的向量决定，图形分类由Partion决定。

继续使用上述网络的例子sample.net来绘制一个分类图形（我们把4个节点分成2类，该分类文件为sample_p2.clu）
附：sample_p2.clu分类文件
*Vertices 4
1
1
2
2
绘制步骤：
第一步：读取sample.net网络文件和sample_p2.clu分类文件。
第二步：点击主菜单下的Draw选择Draw-Partition（绘制分类图形），这样就弹出绘图窗口，同时出现了一个由两种颜色显示的图形。
第三步：绘图参数选择，包括节点大小、颜色，边的粗细、颜色，是否显示标签，布局方式。这里介绍在绘图窗口选择一种更为合适的布局方式，点击layout-Energy-Kamada-Kawa-free。
第四步：输出该网络图（Export菜单），pajek提供了4种保存输出图形的格式：
（1）EPS格式
LATEX编辑PDF文档时直接可以调用插入的图片格式；
（2） SVG格式
可扩展的向量图，可以在网页中打开和进一步编辑；
（3） JPE格式
（4） BMP格式

（四）Pajek与R的交互使用
把Pajek中的网络文件导入到R：直接使用pajek的Tools工具菜单Send to R，即可把PAJEK网络数据调入到R软件界面，使用R分析网络。常用的R分析复杂网络的packages包有igraph和sna。
把R分析的网络数据导出为Pajek格式的.net文件：可以使用igraph包中的函数write.graph(g, 'F:/networksample.net', format='pajek')。

对复杂网络有兴趣，特别是想使用Pajek分析复杂网络的同学可以去Peixun.net培训网学习即将上线的《Pajek可视化操作与复杂网络分析》网络视频课程（本月内上线）。
（五）《Pajek可视化操作与复杂网络分析》视频课程的大纲：

第一部分 Pajek软件操作第一章 Pajek软件介绍
01. Pajek软件初步介绍第二章 Pajek数据结构02. Pajek数据结构第三章 Pajek工作界面详解03. File菜单操作04. Net菜单操作（1）05. Net菜单操作（2）06. operation、Partition和Hierarchy菜单操作07. Options、Info和Tools菜单操作08. 绘图窗口（1）09. 绘图窗口（2）10. 绘图窗口（3）11. 绘图窗口（4）第二部分应用Pajek分析复杂网络第四章复杂网络基本知识12. 图论与复杂网络基础第五章 Pajek可视化应用13. 数据导入与数据转换14. 生成复杂网络（1）15. 生成复杂网络（2）16. 转换复杂网络第六章 Pajek分析复杂网络的统计性质17. 分析复杂网络的统计性质（1）18. 分析复杂网络的统计性质（2）19. 分析复杂网络的统计性质（3）第七章 Pajek分析复杂网络结构20. 分析复杂网络结构（1）21. 分析复杂网络结构（2）

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