关于本站
人大经济论坛-经管之家:分享大学、考研、论文、会计、留学、数据、经济学、金融学、管理学、统计学、博弈论、统计年鉴、行业分析包括等相关资源。
经管之家是国内活跃的在线教育咨询平台!
经管之家新媒体交易平台
提供"微信号、微博、抖音、快手、头条、小红书、百家号、企鹅号、UC号、一点资讯"等虚拟账号交易,真正实现买卖双方的共赢。【请点击这里访问】
论文
- 毕业论文 | 写毕业论文
- 毕业论文 | 为毕业论文找思路
- 毕业论文 | 可以有时间好好写 ...
- 毕业论文 | 毕业论文如何选较 ...
- 毕业论文 | 毕业论文选题通过 ...
- 毕业论文 | 还有三人的毕业论 ...
- 毕业论文 | 毕业论文答辩过程 ...
- 毕业论文 | 本科毕业论文,wi ...
考研考博
- 考博 | 南大考博经济类资 ...
- 考博 | 考博英语10000词汇 ...
- 考博 | 如果复旦、南大这 ...
- 考博 | 有谁知道春招秋季 ...
- 考博 | 工作与考博?到底 ...
- 考博 | 考博应该如何选择 ...
- 考博 | 考博失败了
- 考博 | 考博考研英语作文 ...
留学
- 日本留学 | 在日本留学心得
- 日本留学 | 日本留学生活必需 ...
- 日本留学 | 【留学日本】2015 ...
- 日本留学 | 日本海外留学8年来 ...
- 日本留学 | 日本留学费用_日本 ...
- 日本留学 | 求在日本留学的师 ...
- 日本留学 | 日本留学的有没有 ...
- 日本留学 | 日本留学
TOP热门关键词
大家好,这两天正在尝试用R语言做生存分析,其中需要贝叶斯统计;主要模型是来自文献资料,但是运行过程中反复出现问题,希望大神们帮忙解答,谢谢!我用了两种方法,载入Library(BRugs),然后运行如下代码:rm(list ...
扫码加入统计交流群 |
我用了两种方法,载入Library(BRugs),然后运行如下代码:
- rm(list=ls(all=TRUE))
- library(BRugs)
- # Specify the model in BUGS language, but save it as a string in R:
- modelString = "
- model{
- for (y in 1:N.years.sites){
- for (d in 1:N.days){
- events[d,y] ~ dpois(p[d,y])# raw data is {0/1} for each day
- p[d,y] <- max(p0[d,y],.001) # trick to avoid crashing from low values
- p0[d,y] <- a[d] * risk[d,y]
- risk[d,y] <- exp(beta[1]*temp.cum[d,y] + beta[2]*frost7[d,y] +
- beta[3]*precip7[d,y] ) # risk function that can include any covariates of interest, time-dependent or otherwise
- risk2[d,y] <- min(risk[d,y], 100)
- # events.pred[d,y] <- 1 - pow(exp(-sum(a[1 : d])), risk2[d,y] )
- }}
- for (d in 1:N.days){#
- a[d] <- p1/ (1+exp((2.2/p3) * (p2-d))) # baseline function used in this study (could be modeled otherwise for different applications, or left non-parametric)
- #p1 <- 1 # max
- #p2 <- 200 # point of inflection
- #p3 <- 20 # time between .1 and .5 and .5 and .9
- }
- p1~dlnorm(p1.sp, p1.tau)
- p3~dlnorm(p3.sp, p3.tau)
- p2~dlnorm(p2.sp, p2.tau)
- ## Priors (BUGS normal distributions use precision instead of variance, where precision = 1/variance)
- p1.sp ~ dnorm(0,.001)
- p2.sp ~ dnorm(3,.001)
- p3.sp ~ dnorm(50,.001)
- p1.tau ~ dgamma(.01,.01)
- p2.tau ~ dgamma(.01,.01)
- p3.tau ~ dgamma(.01,.01)
- # Overall species baseline curve
- for (d in 1:N.days){ a.sp[d] <- p1.sp/ (1+exp((2.2/p3.sp) * (p2.sp-d))) }
- for(pp in 1:n.beta){
- beta[pp] ~ dnorm(beta0[pp], beta.tau[pp])
- }
- for(pp in 1:n.beta){
- beta0[pp]~ dnorm(0,.001)
- beta.tau[pp] <- pow(beta.sigma[pp], -2)
- beta.sigma[pp] ~ dunif(0,10)
- }
- } # end model
- "
- .temp = file("model.txt","w") ; writeLines(modelString,con=.temp) ; close(.temp)
- modelCheck( "model.txt" )
- # THE DATA.
- N.days = 250
- N.years.sites = 5
- n.beta = 3
- response.day = 250
- datas<-read.csv("E:/R/survival/data.csv")
- events<-matrix(nrow=250,ncol=5)
- frost7<-matrix(nrow=250,ncol=5)
- precip7<-matrix(nrow=250,ncol=5)
- temp.cum<-matrix(nrow=250,ncol=5)
- for (i in 1:5) {events[,i]<-datas[,i]}
- for (i in 1:5) {frost7[,i]<-datas[,i+5]}
- for (i in 1:5) {precip7[,i]<-datas[,i+10]}
- for (i in 1:5) {temp.cum[,i]<-datas[,i+15]}
- dataList = list(
- events = events,
- frost7 = frost7,
- precip7 = precip7,
- temp.cum = temp.cum,
- N.days = N.days,
- n.beta = n.beta,
- N.years.sites= N.years.sites
- # response.day = response.day
- )
- nChains = 3
- modelData( bugsData( dataList ) )
- modelCompile( numChains = nChains )# BRugs tells BUGS to compile the model.
- modelGenInits()
- burninSteps = 1000
- modelUpdate( burninSteps )
Rstudio提示:
Error in handleRes(res) : NA
In addition: Warning message:
running command '"d:/Program Files/R/R-3.1.3patched/library/BRugs/exec/BugsHelper.exe" "C:/Users/TONGZ~1/AppData/Local/Temp/RtmpwPtl0g" "C:/Users/TONGZ~1/AppData/Local/Temp/RtmpwPtl0g/trash" "file18382a0663b.bug" "C:/Users/TONGZ~1/AppData/Local/Temp/RtmpwPtl0g/cmds.txt" "1"' had status 144
实在不明白怎么回事,找到了 Bugshelper.exe 双击打开提示
后来我在Openbugs 中找到libOpenBUGS.dll(重新安装了几次,该文件应当没有损坏。。),放到Bugshelper.exe旁边,又出现了第一张图的提示……
反复如此,用R和Rstudio都是一样的……
之后,我只好放弃Openbugs,改用R2WinBUGS
模型仍然是以上模型,读入的数据也是以上数据,最后运行bugs:
bugs.sim<-bugs(data,inits=NULL,parameters,noyear,n.chains=3,n.iter=40000,n.burnin=1000,bugs.directory="D:/winbugs14/WinBUGS14/",working.directory="c:/Bugs",debug=TRUE)
log信息如下:
display(log)
check(c:/Bugs/noyear.bug.txt)
model is syntactically correct
data(c:/Bugs/data.txt)
undefined variable
compile(3)
gen.inits()
command #Bugs:gen.inits cannot be executed (is greyed out)
thin.updater(117)
update(9)
command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out)
set(beta)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(p1)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(p2)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(p3)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(deviance)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
dic.set()
command #Bugs:dic.set cannot be executed (is greyed out)
update(334)
command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out)
coda(*,c:/Bugs/coda)
command #Bugs:coda cannot be executed (is greyed out)
stats(*)
command #Bugs:stats cannot be executed (is greyed out)
dic.stats()
DIC
history(*,c:/Bugs/history.odc)
command #Bugs:history cannot be executed (is greyed out)
save(c:/Bugs/log.odc)
save(c:/Bugs/log.txt)
看这个意思好像是有未定义的变量。。?可是之前在BRugs中应该已经通过了啊。。
总是。。两种办法都卡住了。。。希望高手们看一下帮帮忙撒~~
十分感谢!!!!!
「经管之家」APP:经管人学习、答疑、交友,就上经管之家!
免流量费下载资料----在经管之家app可以下载论坛上的所有资源,并且不额外收取下载高峰期的论坛币。
涵盖所有经管领域的优秀内容----覆盖经济、管理、金融投资、计量统计、数据分析、国贸、财会等专业的学习宝库,各类资料应有尽有。
来自五湖四海的经管达人----已经有上千万的经管人来到这里,你可以找到任何学科方向、有共同话题的朋友。
经管之家(原人大经济论坛),跨越高校的围墙,带你走进经管知识的新世界。
扫描下方二维码下载并注册APP
免流量费下载资料----在经管之家app可以下载论坛上的所有资源,并且不额外收取下载高峰期的论坛币。
涵盖所有经管领域的优秀内容----覆盖经济、管理、金融投资、计量统计、数据分析、国贸、财会等专业的学习宝库,各类资料应有尽有。
来自五湖四海的经管达人----已经有上千万的经管人来到这里,你可以找到任何学科方向、有共同话题的朋友。
经管之家(原人大经济论坛),跨越高校的围墙,带你走进经管知识的新世界。
扫描下方二维码下载并注册APP
您可能感兴趣的文章
本站推荐的文章
- 哲学名言 | 【独家发布】经典哲学名言
- 哲学书籍 | 求推荐一本讲人生目标的哲学书籍 ...
- 哲学书籍 | 20部必读的哲学书籍
- 哲学书籍 | 经济人,开拓你逻辑思维的哲学书 ...
- 哲学书籍 | 哲学书籍
- 哲学书籍 | 哲学书籍
- 哲学书籍 | 哲学书籍
- 哲学书籍 | 经典的哲学书籍
人气文章
1.凡人大经济论坛-经管之家转载的文章,均出自其它媒体或其他官网介绍,目的在于传递更多的信息,并不代表本站赞同其观点和其真实性负责;
2.转载的文章仅代表原创作者观点,与本站无关。其原创性以及文中陈述文字和内容未经本站证实,本站对该文以及其中全部或者部分内容、文字的真实性、完整性、及时性,不作出任何保证或承若;
3.如本站转载稿涉及版权等问题,请作者及时联系本站,我们会及时处理。
2.转载的文章仅代表原创作者观点,与本站无关。其原创性以及文中陈述文字和内容未经本站证实,本站对该文以及其中全部或者部分内容、文字的真实性、完整性、及时性,不作出任何保证或承若;
3.如本站转载稿涉及版权等问题,请作者及时联系本站,我们会及时处理。