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讨论总机构收取的管理费是否缴纳营业税，首先要了解总机构管理费的企业所得税规定，因为总机构收取管理费的营业税处理规定源于企业所得税的规定。原《外商投资和外国企业所得税法》规定，企业不得列支向其关联企业支付的管理费。原《企业所得税法》规定，凡具备企业法人资格和综合管理职能，并且为其下属分支机构和企业提供管理服务又无固定经营收入来源的经营管理与控制中心机构（以下简称总机构），可以按照有关规定，向下属分支机构和企业提取（分摊）总机构管理费。
新《企业所得税法》第四十九条规定，企业之间支付的管理费不得扣除。该文件明确，无论是内资企业还是外资企业，无论接受关联方还是非关联方提供的管理或其他形式的管理服务而发生的管理费，均不得扣除。企业之间支付的管理费，既有总分机构之间因总机构提供管理服务而分摊的合理管理费，也有独立法人的母子公司等集团之间提供的管理费。由于企业所得税法采取法人所得税制，对总分机构之间因总机构提供管理服务而分摊的合理管理费，通过总分机构自动汇总得到解决。对属于不同独立法人的母子公司之间，其真实发生的提供管理服务的管理费，应按照独立企业之间公平交易原则确定管理服务的价格，作为企业正常的劳务费用进行税务处理，不得再采用分摊管理费用的方式在税前扣除，从而避免重复扣除的情况。
虽然《企业所得税法》遵循的是法人税制，但根据其第三条的规定，在中国境内设立机构、场所的非居民企业在中国只负有限的纳税义务，就其在中国境内所设立的机构、场所获取的来源于中国境内的所得和来源于境外但与所设机构、场所有实际联系的所得纳税。若不允许非居民企业在中国境内所设机构、场所，分摊其在中国境外总机构所发生的有关费用，可能会出现这些机构、场所的特定生产经营活动费用支出无法得以体现，也不符合收入与支出的配比原则，因此，新《企业所得税法》沿袭了原《外商投资和外国企业所得税法实施细则》的规定，允许非居民企业向其在中国境内设立的机构、场所分摊有关费用。
对此，《企业所得税法》第五十条作了特殊处理，规定非居民企业在中国境内设立的机构、场所，就其中国境外总机构发生的与该机构、场所生产经营有关的费用，能够提供总机构出具的费用汇集范围、定额、分配依据和方法等证明文件，并合理分摊的，准予扣除，但必须满足三个条件。
关于总机构收取分支机构的管理费是否缴纳营业税的问题，财政部、国家税务总局并没有明确的文件出台，各地在执行过程中有不同的规定。有的地方按照经营性收费征收营业税，但也有的地方免征或不征营业税，如安徽省、广东省地税部门曾规定，基于原企业所得税法下，总机构管理费是为了解决经费不足问题，凭借资产和行政管理职能向下属企业收取的，具有划拨和统筹性质，同时，税务机关在总机构申请收取管理费时在数额和比例上都作了严格的限制，且同意在税前扣除，没有必要再征收营业税，对符合条件的总机构取得的管理费收入免征或不征营业税。
《企业所得税法》及新《营业税暂行条例》及细则实施后，总机构向分支机构收取管理费不可在税前扣除，而是按独立交易原则确认。因此，上述各地关于总机构管理费不征或免征营业税的规定自然失效。

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