如何实现先判断两个数据框中的两列是否相等，之后再比较其他列？-经管之家官网！

现在有两个数据表，一个是染色体上的基因片段所在的位置，一个是结合在染色体上的RNA所在的位置。人体内23条染色体和两条性染色体的数据是乱序的，基因片段的数目和RNA的数目也不相等，如图：
我需要先判断基因和RNA是否在同一条染色体上，再对它们的位置进行比较，位置有交集的，则输出RNA的名字，我的代码是：
lncRNA<-read.csv("E:/THU_research_intern/lncRNA/data/2012data/lncRNA.csv",header=TRUE,stringsAsFactors = FALSE)
ChP<-read.csv("E:/THU_research_intern/lncRNA/data/2012data/GSM1436260_ENCFF002ENI.csv",header=TRUE,stringsAsFactors = FALSE)
ChP<-ChP[order(ChP[,1]),]
for(x in 1:2708)
for(i in 1:118484)
if(lncRNA[i,1]==ChP[x,1]&&lncRNA[x,3]<=ChP[i,2]||lncRNA[x,1]==ChP[i,1]&&lncRNA[x,2]>=ChP[i,6]) lncRNA=lncRNA[-c(i),]
lncRNA[,4]
错误信息是，
Error in if (lncRNA[i, 1] == ChP[x, 1] && lncRNA[x, 3] <= ChP[i, 2] ||:
missing value where TRUE/FALSE needed
应该怎么写呢？